寛文12年(1672)大垣城主戸田采女正が建立しました。
戸田氏の室は牧野氏の娘ですので、牧野氏菩提寺たる当寺に寄進したものとみられています。
かなり規模も大きく、地方の山門建築として代表的な遺構です。県指定文化財です。

大恩寺は正式名を御津山浄土真院大恩寺といい、寺伝によれば、敏達(びたつ)天皇の時代に百済の僧恵灌(えかん)により創建されました。
はじめは新宮山にあって浄光院と称しました。室町時代には廃絶に近い状態でしたが、下総国(しもうさのくに)弘経寺(くぎょうじ)の僧了暁(りょうぎょう)が新宮山大運寺として浄土宗の寺となりました。
その後、了暁の弟子勢誉(せいよ)は、徳川氏の菩提寺である岡崎大樹寺(だいじゅじ)を開いたことから、松平氏の保護を受け、松平親忠(ちかただ)が現在の地へ移しました。
さらに、家康の父松平広忠(ひろただ)のとき、徳川家に大恩ある寺として、御津山浄土真院大恩寺と改名しました。
牛久保牧野家の菩提所としても栄え、域内には徳川・牧野・戸田・岩瀬・菅沼・旗本・柴田等の墓もあり、由緒の深さを物語っています。　
寺領の大恩寺山(御津山)は150本の桜が植えられ、山頂にある高さ13メートルのパノラマ展望台からは、三河湾の素晴らしい景色が一望できます。